福建农业信息网架构了政务版、科技版、市场版三大板块，包括了十二个功能模块，即：
政务中心模块：将省厅的政务信息、办事服务等，按照服务对象进行分类，提供相关信息浏览、审批公告、办事指南、法律咨询、厅长信箱、投诉建议等。
专题栏目模块：提供省内外农业新闻、农业热线、当前热点、闽台农业、农事之窗、农业气象、视频点播和其它信息等专题专栏，及时发布信息。
农业新闻模块：全国农业信息联播、全省农业信息联播、信息快递、图片新闻以及各行业频道新的信息。
数据库模块：提供名优特产库、农业资源库、农业图件库、农业标准库、政策法律库、农业专家库、实用技术库、招商引资库、维普全文数据库等九个数据库，实现在线查询。
下载中心模块：在网上提供办事相关资料、常用软件下载，方便企业和个人办事。
行业频道模块：为每个行业频道建一个行业网站，可以添加栏目，独立管理维护，更新信息。
特色农业模块：为福建特色农业产业而开发的一个功能模块，可以自由建立专业网站，管理网站的栏目，发布网站的产品，发布供求信息。已开设福建茶业、福建香蕉、福建柑桔、福建花卉等，方便查询各类信息。
网站高级会员才能建立特色网站，发布产品信息、供求信息，普通会员只能发布供求信息。
企业风采模块：提供展现企业产品、形象、资信等内容的平台，展现企业的风采，发布供求信息。
八闽特优模块：展现八闽特优产品的天地。
供求信息模块：为企业、个人发布供求信息。
视频点播模块：在线视频点播。
其它附属模块：站标、搜索引擎、网站导航、网站地图、使用帮助、万年历查询等。