（一）办公室
协助局领导处理日常工作，协调机关政务工作；负责有关工作的上传下达和检查督办；负责文电、保密、档案、政务信息与政务公开、新闻宣传与新闻发布、农情调度、建议提案办理、突发事件应急综合管理、保卫、机关后勤等工作；承担农业农村发展改革研究，提出产业保护和发展的政策建议，组织有关综合性报告、文件的起草与审核。
（二）人事科
负责局机关和局属单位的人事管理、劳动工资、机构编制工作；负责局属单位专业技术职务的申报推荐和干部年度考核工作；参与指导和管理全市农业行业人事劳动工资和农业行业技术考核工作；承办局管干部培训、推荐考核、报批等工作；负责局机关和直属单位的党务工作，协助做好局属单位领导班子建设工作。负责农民技术职务和科技干部评先、农业劳模的评审及农业学会、协会的管理等工作。
（三）发展计划与财务科
拟定农业农村经济发展战略和中长期规划；组织申报农业投资项目，会同有关部门监管农业项目建设项目；参与项目的管理；编报本级部门预算并组织执行；负责指导、监督局属单位财务管理、会计核算、政府采购、国有资产管理工作；组织内部审计；管理局机关各项资金和监督财务制度执行。
（四）科技教育科
拟定农业科技、教育发展规划，承办实施科教兴农战略工作；协调农业技术推广服务体系和技术推广队伍建设工作；指导农业科研、职业技术教育和农民从业技能培训工作；协调农科教关系，承办重大科研和技术推广项目的遴选及实施工作；管理科技成果，组织协调农业植物新品种保护、农业转基因生物和外来物种管理相关工作；会同有关部门拟订农业农村人才队伍建设规划并组织实施。
（五）政策法规与行政审批科
负责审核本部门的规范性文件，对其他部门起草的规范性文件中涉及农业和农村经济的条款提出审核意见；负责农业行政执法体系建设和农业法制宣传教育工作；负责本部门的行政审批工作，发放有关行政许可证件；负责农业行政执法人员培训及证件审核发放工作；组织涉农大案要案的调查取证及鉴定工作；依法审理本部门的农业行政执法案件；监督检查本系统农业执法单位的执法工作；负责本部门行政诉讼案件的应诉工作，承担农业行政复议工作。
（六）农产品质量监督管理办公室
组织拟订农产品质量发展规划；组织农产品质量监督管理工作；组织实施农产品质量监测和信息发布；组织指导农业检验检测体系建设工作；组织依法实施符合标准的农产品认证和监督管理的有关工作；组织拟订农产品生产技术市级地方标准。
（七）农业产业化科（挂市场与经济信息科、对外合作科牌子）
研究制定并组织实施农业产业化及农产品加工业发展的政策措施、发展规划；组织规划农业各产业的合理布局、协调发展和农村资源的有效配置；负责农业产业化龙头企业的评审、报批及动态管理与服务工作；推进农业、农村经济产业化。
组织指导农产品市场体系建设和农业信息服务体系建设；提出大宗农产品和重要的农业生产资料的流通及价格政策建议；承担农业统计有关工作；分析与预测农业生产和农村经济运行情况；发布农业产品及农业生产资料供求情况等信息，指导农业信息服务；负责洪湖农业信息网的维护管理，指导农业部门信息系统及网络建设；承担农产品促销和培育、保护与发展农产品品牌有关工作。组织协调“菜蓝子”工程；承办农业涉外事务；组织协调管理我市与有关国际组织或机构的农业对外经济技术交流与合作；承担农业外援工作的有关事宜；负责招商引资工作。
（八）生产科
负责制订全市农业生产发展规划；研究提出种植业发展规划与重大技术措施，引导种植业结构和布局的调整；承担耕地质量管理和发展节水农业的相关工作；协调收集种植业农情信息，负责救灾备荒种子储备、调拨的组织协调工作；负责组织粮、棉、油科技项目的试验示范和技术推广工作；参与组织种子及其资源的品种审定。
研究拟订蔬菜、食用菌、瓜果、茶叶、药材、糖料等经济作物生产规划与产业布局，并组织实施；提出经济作物发展的政策建议；指导经济作物结构调整及标准化生产工作；拟订经济作物技术措施和新品种、新产品开发规划并组织实施；负责经济作物种质资源保护。
纪检（）和工会机构按有关规定设置。