“九五”以来，福建种子工程建设在各级政府的高度重视下，全省累计投入资金1.6亿元，种子工程建设取得了显著成就。
一是全省种子管理机构“三定”工作基本完成，共有60个市、县（区）种子管理站通过同级政府及其机构编制委员会的“三定”，健全了种子管理体系，稳定了种子推广队伍。
二是加强种子基础设施建设，完善了良种繁育与推广网络。全省建立了各类农作物繁育基地28万亩，新建了福建省海南农作物育种基地1个、农作物引种观察圃14个、农作物品种区域试验站82个、中试基地和千亩丰产示范园区19个，形成了较为完善的农作物新品种推广网络。
三是优质专用农作物新品种开发推广取得新突破，有力地推进了农业结构的战略性调整，促进了农民增产增收。推广农作物新品种面积累计达1500万公顷，主要农作物品种基本上更新换代一次。优质专用水稻、甘薯、马铃薯、特种玉米、大豆、花生新品种推广比例大幅度提高，蔬菜品种进一步优质化、多样化，不仅满足了国内市场需求，而且成为当地出口创汇的拳头产品。
四是种子质量检验网络进一步健全，种子检验能力显著提高。全省建成了以省种子质量监督检验站为龙头，9个设区市种子质量监督检验站为依托，61个种子质量标准检验室为基础的种子质量控制网络，并不断强化种子质量监督检验，种子质量明显提高。五是种子企业的联合、改组进程加快，种子龙头企业雏形初步形成，种子企业市场竞争能力提高。随着《中华人民共和国种子法》的实施，种子产业化有了新的突破，一些较大规模的种子股份制企业，如福建农嘉、福建金山、福建六三、福建闽丰等公司相继成立，一种崭新的种子经营格局正在形成。在大力推进种子事业不断发展的同时，先后取得多项重要科技成果，多次受到国家农业部和省政府的表彰、奖励。