遵义市农业科学研究所（以下简称市农科所）是市直正县级综合性农业科研事业单位，是农作物品种区域试验站、国家现代农业（玉米）产业技术体系综合试验站和全国青少年农业科普教育示范基地之一。市农科所成立于1938年，场址在遵义城区鲤鱼田（现市文化广场），单位名称变更经“五区农场”、“遵义专区农场”、“遵义地区农业科学研究所”、“遵义市农业科学研究所”。
现有在职职工98人，其中市管专家3人，遵义市“15851人才工程”层次人才2人，第二层次人才1人，中高级职称人员38人，硕士研究生5人，博士1人、硕士7人。有1人享受津贴，1人享受省政府特殊津贴。现内设办公室、人事教育科、资产管理科、保卫科、科研生产管理科、科技开发中心、水稻研究中心、玉米研究中心、栽培研究中心、园艺研究中心10个二级机构，拥有控股权的遵义益农种业有限公司1个经济实体。
市农科所主要致力于玉米、水稻、辣椒、油菜、高梁、小麦、花生、团豆、荞麦等新品种选育、繁殖、制种及高产栽培技术的研究与推广，长期承担国家和贵州省农作物新品种区域试验、承担国家现代农业产业技术体系建设和上级有关部门下达的其他科研任务，还开展了畜牧、林业、中草药等养殖和栽培技术研究工作，近年来获得各级科技奖励和鉴定成果90余项。从20世纪70年代起，在全市各县（区、市）乡镇实施科技扶贫、党建扶贫、灾后重建、粮食高产科技示范工程等，推广先进适用的科研成果，给山乡人民搭上了致富的桥梁。
市农科所注重科技成果转化，在全国范围涉及广西、云南、四川、重庆、湖南、湖北、福建等省区建立了良种推广销售网络，有推广网点600余个；生产和推广自育杂交良种250余万公斤，引进推广“三杂”良种300余万公斤，推广面积550余万亩；开展“科技三下乡”服务、组织水稻、玉米等新品种现场观摩会和培训农民技术员2万余人次，发放农作物品种和配套栽培技术资料100万余份；转化自主知识产权成果取得社会经济效益30亿元。2011年，为推动我市八大农业产业的发展，市农科所围绕市委、市政府工作目标，在全市14个县（区、市）开展遵辣系列品种的高产栽培试验、示范工作。较大提高了全市农业综合生产能力，为促进遵义农村经济发展、农民增收作出了积极贡献。
市农科所选育的“遵糯1号”等17个农作物新品种先后通过国家、省级审定。近两年，申报并实施了国家、省、市各级科技项目32项。2011年，在桐梓县狮溪镇、黄莲乡和湄潭县永兴镇兴办了现代农业产业示范基地；实施国家农作物品种区域试验站扩建的规划设计工作。2012年，参与完成的“农田系统循环产业综合集成关键技术与应用”获教育部科技进步一等奖；“遵义辣椒高产高效栽培技术”（DV作品）获贵州省首届科普作品创作大赛动漫幻灯教学类三等奖；“遵义辣椒新品种遵辣1号的选育与应用”申报遵义市科技进步一等奖、“糯稻新品种遵糯优101的选育”申报遵义市科学技术进步二等奖。玉米品种“益玉8号”、水稻品种“全优1479”通过贵州省审定、“益玉918”通过云南省三个州特审。
市农科所先后被省委评为“先进基层党组织”，被省政府评为“农业科技工作先进集体”，多次被市委、市政府评为“文明单位”，多次被市委、市直机关工委评为“先进基层党组织”，多次被评为“遵义市科技工作先进单位”，2008年，被中国科协和财政部评为“全国科普惠农兴村先进单位”。
2012年，市农科所与深圳华大基因、四川农业大学、华南农业大学、墨西哥植物基因组及生物多样性国家重点实验室等单位合作，以市农科所育成的遵辣1号为基础材料的“辣椒基因组测序”项目已完成。该项目的实施填补了世界辣椒基因测序科研工作的空白，将大大推进中国乃至世界辣椒的基础研究，提高我国辣椒育种水平，加快我国辣椒育种进程。
根据市委、市政府关于中心城区东扩、加快新蒲新区和南部新城建设的发展要求，我所将实行整体搬迁至新蒲新区。