杭州市植保土肥总站于2006年7月由杭州市编委批文组建。其职能主要是依法开展植物检疫工作；受委托对农药、化肥等农业生产资料实施日常监管；负责农作物生物灾害的监测预警和防控；负责耕地质量、土壤肥力、农用水源和农业环境质量的监测、评价；开展相关的技术开发与推广活动等。
杭州市植保土肥总站的前身为“杭州市病虫观察站”,创建于1961年。1987年改编为“杭州市植保植检站”,1988年再次改编为“杭州市植物保护站”.2000年杭州市土壤肥料站与市植保站合暑办公，2006年7月经杭州市编委批准，由杭州市植物保护站、杭州市土壤肥料站、杭州市植物检疫站合拼组建成“杭州市植保土肥总站”.现地址位于杭海路434-1号，占地面积达1公顷，建筑面积近10000平方米，建有设备齐全的实验室和病虫监测实验基地，拥有固定资产1500多万元，员工30余人，其中高、中级技术人员二十余人，具有较强的科研开发和推广能力。
惜过往岁月，总站及其前身在开展农作物病虫草鼠害预测预报、病虫草鼠害防治技术研究、技术开发、重大农业植物疫情防控、耕地质量管理及生态建设等方面取得了丰硕成果，先后被农业部授予植保体制改革和新技术推广先进集体荣誉称号，曾被共青团杭州市委、浙江省委授予市、省级青年文明号“荣誉称号，杭州市授予”模范集体“称号，并先后承担完成国家、省、市多项研究及推广项目，获国家科技进步3等奖、浙江省科技进步2、3等奖，杭州市科技进步1、2、3等奖、浙江省农业丰收1、2、3等奖、杭州市农业丰收1、2、3等奖等数十项科技成果及推广成果奖励，发表科技论文100多篇。
”雄关漫道真如铁，而今迈步从头越“.总站将以科学发展观为指引，秉承公共植保、公共土肥理念，创新思路、创新工作、创新服务、创新科技，为发展生态农业和现代农业作贡献。